En este caso el presupuesto lo debes de hacer como si se tratara de una sola obra.
puedes darle la estructura siguiente:
A Sistema de agua potable Obra 1 y Obra 2
A01 Obra No 1
A0101 Partida 1 Obra 1
A0102 Partida 2 Obra 1
A02 Obra No 2
A0201 Partida 1 Obra 2
A0202 Partida 2 Obra 2